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一步法RT-PCR從臨床樣本中檢測到鼻病毒基因

【?2006-01-05 發布?】 臨床報道  

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    (武漢)為了建立一步法RT-PCR檢測臨床樣本鼻病毒基因,并對擴增產物進行測序分析。研究者在鼻病毒基因組5′端非編碼區選擇一對鼻病毒特異性兼并引物建立一步法RT-PCR系統。對2004年春季收集的78份急性呼吸道感染患兒鼻咽拭子樣本進行鼻病毒基因篩測,對擴增陽性的樣本進行核苷酸測序并用生物信息學軟件分析。結果78份鼻咽拭子樣本用一步法RT-PCR檢測出鼻病毒基因陽性11份,陽性率為14.1%,其中包括臨床診斷為上呼吸道感染7例、支氣管炎3例、肺炎1例。11份鼻病毒陽性樣本用測序引物擴增并測序,測得的核苷酸序列經blast比對,與GeneBank中鼻病毒序列同源性分別高達89.0%~95.5%;11份樣本序列之間的核苷酸同源性為75.2%~91.8%,核苷酸水平變異率為8.8%~31.0%;11份樣本序列在進化樹中聚類為兩簇;11份樣本序列高度保守區基因突變多為固定位點的單個核苷酸變異。可見所建立的一步法RT-PCR系統檢測鼻病毒基因有快速、簡便、特異性高的優點,適用于臨床檢測。臨床樣本測序分析發現,鼻病毒基因組有高度變異的特點。 /**/
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