為了比較SIV病毒基因型在感染了該病毒的恒河猴大腦和外周血單核細胞里RNA水平上的區別以及該病毒在急性，無癥狀和晚期病毒感染中DNA水平上的差異，科學家們做了以下試驗：實驗采集了SIV病毒感染急性期、無癥狀期和晚期恒河猴腦組織和外周血單核細胞（PBMC）中的RNA和腦組織中的DNA，比較感染不同時期病毒的基因型。首先對十八只恒河猴靜脈注射SIV。在接種后第10、21和56天，各處死6只，通過鏡檢檢測腦炎的嚴重程度。從大腦和PBMC中抽DNA和RNA，通過聚合酶鏈式反應擴增env基因的V1區，并對800個以上不同的克隆進行測序。接種后十天的大腦和PBMC的RNA中能檢測到相似的基因型，說明在急性感染期外周和大腦的病毒進行了非限制性交換。大腦RNA中神經毒性基因型的百分比從急性期（占大腦中檢測到的所有基因型的14%）到無癥狀期早期(45%)、無癥狀期晚期（52%）、感染晚期(95%)逐步積累。接種后不同時期，恒河猴大腦RNA中的不同的基因型比PBMC RNA中的少，無癥狀期早期兩者分別為2.5和5種基因型(P=0.007)、無癥狀期晚期2和5（P=0.003）、感染晚期2和4（P<0.001）。這些數據表明感染晚期大腦中特異性的神經毒性基因型的擴增是通過從感染早期就開始逐步積累并持續到疾病晚期的。/**/