醫院在市場中有了明確的定位，有了明確的盈利模式，接下來就是去組織完成醫院經營目標。這是醫院經營模式要考慮的問題。醫院經營模式包括醫院組織框架、人員編制、物資配置、業務流程、核算形式、專科建設等諸多內容。
　　
組織結構設計必須遵守行業規范，以保障醫療工作正常有序開展為原則，以提供安全有效人性化醫療服務產品為標準，以高效率低成本為目標。要盡可能避免管理結構中責權利不明確、缺少監督和多頭管理并存的現象，提倡團隊精神，責任明確，權利匹配。我們推薦業務管理與經營管理相對分離的組織結構，實行院長負責制下的業務管理模塊和經營管理模塊并存。業務管理傳承傳統醫療管理，以保證醫療質量為原則，保留醫務管理職能部門，崗位調整可以簡化但功能不變，強調規范化行醫，嚴格技術操作規程，對應行業監管。經營管理強調高效率低耗損，提倡集中物資采購配送，統一物業管理，減少物流消耗，保障臨床一線需求。通過設立各種專業委員會，加強業務管理與經營管理的溝通，減少決策失誤，為醫院管理提供專業指導、監督、參謀作用。
　　
在人力資源管理上，醫院應根據國家制定的編制要求，按照業務需求設置崗位，以崗定人和以人定崗相結合，做到靈活實用。我們提倡職稱與崗位相結合的聘任制，可以高職低聘，也可以低職高聘，充分發揮人才優勢，把最合適的人才放到最合適的崗位上。
　　
業務流程不僅是醫院專業工作的規范化體現，也是醫院整體文化的體現。無論是三級醫生查房制度還是主診醫生負責制，要堅持一個原則：在最短的時間內用最經濟的方法做出診斷，在最短的時間內用最安全的方法解除病痛，在患者最少的消費下給予最有效的治療，在提供最滿意的醫療服務中獲得最大的利潤。在競爭中必須提高差異化，特別是在設施環境、服務態度、收費清白、人情消費上突出優勢，在業務流程再造設計中強調人性化服務、親人般關懷和明明白白消費，從制度上和工作流程上最大限度地減少以醫謀私和紅包現象。
　　
目前一些地方面對新建立的民辦醫院，政府公立醫院大喊“狼來了”，擔心醫療市場的競爭、擔心人才流失；民辦醫院的投資者往往也抱有擠垮公立醫院的思想，形成惡性競爭。如何處理好與當地醫療機構的關系，是考驗醫院管理者戰略思維的關鍵問題。我們提倡競爭與合作并存，謀求共同發展，利用非公立醫院人才流動的靈活機制，引進當地緊缺人才，填補醫療空白；利用當地知名專家，開拓醫療市場，合作共建重點學科，緩解供不應求的產品壓力；提供以周邊居住人群為主流客戶，輻射一定區域的優質醫療服務。