問題是病毒會傳染，某些類型的病毒偶爾還會在個體發育點（從卵子受精直至成年期間生物體發育的位點）附近的靶基因組扎根，因而增加了癌癥風險。 質粒沒有這樣的風險，但是它們在細胞內的繁殖不太有效；如果計劃將引入的基因集成到生物體或患者的靶細胞，那么在細胞內繁殖就很重要。

然而，據美國威斯康星大學麥迪遜分校　(USA; www.wisc.edu)　的研究人員說，現在有了非病毒性的新型基因運送系統，它利用轉座子（或稱“跳躍基因”）來運送基因，比病毒安全，運送效率比質粒高。

在2007年9月《應用生物安全》(Applied Biosafety) 雜志上的一篇文章里，該校的分子生物學家、生物安全副主任Margy Lambert博士描述了轉座子在基因運送方面的潛力，轉座子是能從一個DNA 分子跳到另一個DNA 分子的DNA 片斷。 “幾乎任何采用病毒載體的場合都能采用這一技術，”Lambert博士解釋說。 “你能用它做很多事情，而且更安全。 雖然病毒載體的問題極其罕見，但是后果可能極其嚴重。”

據Lambert博士說，基因