隨著政府職能的轉變，一些技術性、輔助性和服務性的工作陸續交由中介組織承擔，藥事管理專業委員會最近完成政府委托的三項任務。

第一，2001年9月受衛生部醫政司委托組織專家修訂、起草《處方管理辦法》，兩年來組織6次會議、11易其稿，先后160所醫院、700余人次參加討論。該文件2004年8月由衛生部和中醫藥管理局頒布執行。

第二，2002年3月受衛生部醫政司委托組織專家起草制定《抗菌藥物臨床應用指導原則》。專業委員會組織專家5次開會，專家書面修改近百份，于2003年提交了文件初稿，以后又和中華醫學會的專家一起共同修改論證，完成了任務。該文件2004年8月由衛生部、中醫藥管理局、總后勤部衛生部頒布執行。

第三，2002年4月衛生部科教司組織《醫學相關領域的崗位任務分析及需求預測研究》課題，藥事委員會承擔《醫院藥學崗位任務分析及需求預測研究》部分。課題組在7省市144所醫院進行調查，起草了“臨床藥學專業指南和設置標準”等一些列相關文件，2004年2月經衛生部科教司認可，發給全國醫療機構藥劑科參考執行。