在全國疾病預防控制工作電視電話會議上，國家衛生部副部長王隴德強調，中國疾病預防控制工作去年雖取得顯著成績，但形勢還相當嚴峻，存在很多問題和挑戰。

這些挑戰主要包括四個方面：

----重大疾病仍嚴重威脅人民群眾身體健康。去年全國計劃免疫的卡介苗、百白破、脊髓灰質炎、麻疹疫苗接種率大多低于百分之八十五；乙肝疫苗接種在部分地區進展緩慢，一些地方還存在著免疫空白區，以致出現脊髓灰質炎疫苗衍生株流行等。人間鼠疫出現了局部暴發；一些死灰復燃的傳染病如性病多年發病持續上升的勢頭仍未得到遏制；登革熱等境外輸入的傳染病，出現局部流行；結核病、血吸蟲病人總數居高不下，釘螺面積有所增加；還有七個省區尚未達到消除碘缺乏病的目標；三億多農民飲用水不達標；無害化廁所普及率不到30%；隨著城市化、工業化和人口老齡化的加劇，以及不健康生活習慣等因素的影響，惡性腫瘤、高血壓、心腦血管病、糠尿病等慢性非傳染性疾病已成為威脅群眾生命安全的殺手。

----突發公共衛生事件應急機制不健全，疫情信息報告系統有待完善。對重大傳染病暴發等突發公共衛生事件雖已制定應急預案，但仍存在不少薄弱環節，特別是在傳染病人的及時發現及報告質量還亟待改進；尚缺乏對傳染病暴發流行發展勢態預測評估和危害性評價，尚未真正建立科學有效的預警機制。

----對流動人口的傳染病預防控制缺乏有效的管理手段，給疾病預防控制工作造成巨大壓力；缺乏經費和人力資源保證，已構成疾病預防控制工作的重大薄弱環節。

----疾病預防控制機構工作支撐條件沒有得到完全解決。多數基層地方財政投入不能保證疾病預防控制工作人員的工資待遇和業務活動經費，使一些疾病預防控制機構仍然在為“生存”而忙于“創收”，難以開展正常的疾病預防控制工作。