福建省衛生廳為控制醫療機構費用增長設定控制指標，其中規定，合理用藥抽查合格率為95％，大型儀器檢查的陽性率為70％，醫療服務價格項目收費抽查準確率為95％。

此外，福建省衛生廳還定下了“每門診人次收費水平”與“出院者平均醫藥費用”兩項指標，這兩項目指標控制分兩個階段實行。第一階段是2005～2006年，要求實行零增長，即各醫療機構的人均醫藥費用不高于2004年水平。第二階段為2007年以后，要求實行控制增長，即各醫療機構人均醫藥費用的增長幅度不高于當地城鎮居民人均可支配收入的增長幅度。