我國的中藥注射劑及注射劑用中藥材的指紋圖譜研究取得了很大進展，目前科研人員已經進行指紋圖譜研究的品種涉及人參、三七、黃芪等120余種常用中藥材，以及黃芪注射液、柴胡注射液、丹參注射液等80余個中藥注射劑品種和六味地黃丸、烏雞白鳳丸等20余個中成藥品種。北京大學藥學院屠鵬飛指出，選擇適宜的檢測方法是制定合格指紋圖譜的重要環節。從理論上講，色譜方法和光譜、波譜方法均可用于制定中藥指紋圖譜，但一般建議優先采用色譜方法。相對而言，光譜和波譜所提供的信息較少，對同類化合物的取代基的變化難以體現出來，不能充分反映供試品的成分變化。如黃芪的紅外光譜顯示，不同品種、不同產地的黃芪的紅外光譜幾乎沒有區別；大黃的紫外光譜也說明，各組不同品種之間的區別很小。屠鵬飛提醒說，目前中藥色譜指紋圖譜研究中存在的一些問題需要引起研究者的重視。如在供試品溶液的制備過程當中，可能造成樣品中大量成分的損失；色譜硬件的條件差時，容易造成色譜峰的嚴重堆積而難以判斷。另外，應注意對指紋圖譜進行系統分析，以便于充分發揮指紋圖譜的作用；在進行中成藥指紋圖譜研究時要緊密結合其生產制備的工藝過程控制。屠鵬飛認為，下一階段的指紋圖譜檢測方法將會采用色譜-光譜、色譜-波譜聯用，從而更加準確地區分出差別較小的不同產品；隨著指紋圖譜的研究走向深入，利用計算機分析的中藥復雜體系的譜效學研究將有可能闡明中藥的有效成分構成。另外，對中藥提取物的指紋圖譜研究，還可用于中藥復雜體系的藥代動力學研究