衛生部提出對惠民醫院實行預算式全額管理的模式，并欲逐步將之擴大到全部公立醫院
　　
惠民醫院實質上在執行供方補助的模式，即政府通過加大投入，規范醫療服務行為，理順醫療服務價格，達到降低患者醫藥費用負擔而不降低醫療服務水平的目的，從而緩解“看病難、看病貴”。而“預算式全額管理”的核心內容是實行收支兩條線，即收入全額上繳，支出由政府核撥。
　　
以北京市海淀區上地醫院為例，該院由政府投資興建，除開業初期一千萬元的設備投入外，海淀區政府還對醫院的經常性營運采取補助“固定費用”，即對核定編制內（目前為221人）的人員費用及房租進行全額補助。人員費用標準按照全區平均水平每人每年4.3萬元予以全額補助，房租補助為298萬元/年。同時，對藥品實行收支兩條線管理，藥品收支進入并通過財政專戶進行管理。
　　
政府通過加大和完善補助力度的方式助推實現“平價”，上地醫院在財力得以保障的基礎上，通過配套的人事管理制度和激勵機制改革，實現合理檢查、合理治療、合理收費。他們主要采取的方法有：一、降低藥價。醫院進藥后不加價或低比例加價，對同品種同規格藥品或試劑，選擇價格最低的、包裝最簡單的且把藥品分裝成小包裝。二、降低醫用耗材的用量及價格。放射科使用價格低但不影響質量的國產片，B超、心電圖等不連接電腦打印，診斷報告采用手寫，每次可為患者節約30元。三、醫生收入與醫院效益脫鉤。藥品銷售原則上不進行銷售加成，避免“大處方”、“濫檢查”等過度醫療行為。

預算式全額管理模式對不同經營格局的醫療機構不一定普遍適合

在某種程度上，預算式全額管理回復到了全額預算撥款體制。這種預算模式對目前業已形成不同經營格局的醫療服務機構來說，不一定普遍適合。這是因為，業務發展不好、效率低的公立醫院可能歡迎這種做法，但是競爭力強、業務收入好的公立醫院勢必拒絕。這樣，實際上可能保護了落后，回歸到了“大鍋飯”。海淀區財政局曾對區屬公立醫院轉變財政補助模式，實行預算全額管理，由人事部門核定工資，財政予以全額保障，并引入審計經常性監督的做法，進行過專門調查，結果發現衛生部門并不歡迎。
　　
但基于目前的條件，地方財政不可能將公立醫療機構“養起來、包下來”。對公立醫療機構實行預算式全額管理是有潛在風險的，沒有扎實的改革基礎工作，如科學的標準定額測算；沒有相關政策的配合，如人事編制等的支持，勢必影響醫療機構和醫務人員的積極性，影響醫療服務的質量，繼而影響衛生事業的健康發展，甚至引發政府財政風險。
　　
所以，現階段對惠民醫院實施所謂的“預算式全額管理”并向所有公立醫療機構推廣，有矯枉過正的疑弊。合理的導向應是正確調整財政補助政策，綜合考慮醫院的功能、服務質量、收入狀況、區域衛生規劃和可供財力等因素，“保一部分，放一部分”，支持公立醫院轉換經營機制，促使其健康發展。

建立惠民醫院的重要意義是引導公立醫院轉換運行機制
　　
建立惠民醫院的意義，不僅在于降低醫療服務的費用，更重要的是通過這種試點，引導公立醫院轉換運行機制，使醫院在依托政府財政的基礎上，合理用藥，合理檢查，合理確定收費項目和價格等，使醫院良性運轉并充分體現其公益性。
　　
現在，有些地方一提“平價”或“惠民”，就想到要向財政要錢，這是一種認識誤區。改革的目的不是為了增加財政投入，惠民醫院也不能成為衛生部門向公共財政要錢的“條件”。相反，惠民醫院是要借醫院人事制度、薪酬制度、財務體制的綜合改革，實現運行機制的有效轉換，改變“以藥養醫”和依靠向患者收費維持醫院運行的機制。
　　
所以，舉辦惠民醫院是政府職能的回歸，因為要加大財政投入，對地方財政是一種挑戰，同時也是對醫療服務機構合理成本進行調查測算的契機。由于目前很多公立醫療機構存在財務收支反映不真實、藥品收支結余虛假、會計基礎薄弱、核算不規范，甚至有些項目成本虛高等問題，政府部門有必要加大對醫療機構財務管理的監管力度，并核定醫院運行成本，對偽成本項目應采取嚴厲措施予以取締，而對合理成本項目應按成本收費，在此基礎上通過收支兩條線等綜合預算管理政策，建立長期評估機制，對財政投入效果及醫院運行情況進行評估，發現問題及時調整，以實現真正意義上的“平價”醫療服務。

政府要從政策上保證惠民醫院籌資的可持續性
　　
目前，惠民醫院的財政補償方案尚未形成穩定、可持續性的籌資模式，如果以北京市上地醫院目前的補助水平和補助模式為“模板”的話，很多地方財政勢必無法承受。所以，惠民醫院由政府給予相應的補助，醫院按照公益性要求履行其相應的職責，政府在政策上保證惠民醫院籌資的可持續性，尤其是對欠發達地區的惠民醫院的運行和發展，財政的可持續支持是個大問題。這就需要不同地區結合各自實際，探索各自的“惠民醫院”籌資和運行管理模式。當然，其中尤為關鍵的是要建立健全有效的激勵機制，引導醫院薄利多銷，提供質優價廉的基本醫療服務。
　　
鑒于財政預算中全額管理和補償機制的復雜性，目前各地在推開建立或完善惠民醫院之時，應力求避免政策“一刀切”，要防止衛生領域樹立形象工程的傾向，特別要注意防止借惠民醫院之名，陷入“建機構、養人”的重復建設和浪費資源的怪圈，而是需要在總結成熟經驗做法的基礎上，因地制宜、審慎推開惠民醫院籌資模式，避免惠民醫院“春辦秋黃”。