到2005年，福建廈門市將完成已經立項的近10個大型衛生建設項目，總投資規模超過10億元。該市在保證政府衛生財政投入逐年增長的前提下，積極推進特區衛生投融資體制改革，籌集衛生事業發展急需的資金。

由于認識到全部依靠政府財政投入是不現實的，廈門采取了政府投入和醫療機構自籌相結合的辦法。承擔部分公共衛生職能的醫療機構的建設，政府財政投入2/3，醫療機構自籌1/3；其他醫療機構建設經費，政府財政投入1/3，醫療機構負擔2/3。衛生基本建設投入從單純依靠國家撥款變為政府和建設單位共同出資。

該市還積極吸引社會資金舉辦廈門老年病醫院，通過引入外資和社會資金，正在籌建生殖醫學中心；廈門眼科中心完成了民營化改制，湖里醫院的產權制度改革工作也正在實施中。