現行《醫院會計制度》是財政部、衛生部按照《中共中央國務院關于衛生改革與發展的決定》中明確的醫療機構的性質，即：不以盈利為目的的，承擔一定福利職能的社會公益事業單位；根據《事業單位財務規則》和《事業單位會計準則》，結合我國醫院特點，參考國外非盈利組織財務會計制度，于1998年11月17日頒布，并于1999年1月1日實施的。相對于舊的《醫院會計制度》，現行《醫院會計制度》根據新形勢的要求，借鑒了企業財務會計改革的經驗和國際慣例，是醫院財務管理、會計核算的重大改革。它為醫院適應市場經濟，參與市場競爭注入了新的活力，是醫院會計同國際慣例接軌，邁向醫院會計現代化的又一次重大發展。其簡要內容如下：

一、現行的《醫院會計制度》將會計要素分為五類，即：資產、負債、凈資產、收入和支出。改變了過去將會計科目分為資金占用和資金來源兩大類的劃分方法。

二、重新劃分醫院的收支，加強了收入和支出的管理。將醫院收入劃分為財政補助收入、上級補助收入、醫療收入、藥品收入和其他收入；與收入分類相對應，將醫院支出劃分為醫療支出、藥品支出、財政專項支出和其他支出。取消了過去的制劑收支，將制劑的增加值列入藥品進銷差價，避免了醫院制劑造成的虛收虛支。

三、醫藥分開并實行成本核算。由于醫院的經濟活動不同于一般的事業單位，醫院的支出應主要通過醫療服務收入來彌補，而不能依賴出售藥品來彌補，將醫療及藥品收支分別管理，分開核算，對醫療服務和藥品消耗分別實行成本核算。

四、藥品收入實行超收上繳。為了控制醫療費用的盲目增長，減輕人民群眾醫療費負擔，克服醫療衛生資源的浪費，對醫院藥品收入實行“核定收入，超收上繳”的管理辦法，超出財政部門和主管部門核定的藥品收入總額，按規定上繳衛生主管部門，使醫院逐步回到因病施治、合理用藥的正常軌道上來。

總之，現行《醫院會計制度》作為對原有制度的完善和補充，在它頒布實施以來，對于規范醫院的財務管理，提高醫院的會計核算質量，均起到了很好的作用。但隨著社會經濟的飛速發展，改革步伐的日益加快及中國加入WTO, 現行《醫院會計制度》在運行過程中也愈來愈顯現出不足及局限性，具體應從以下方面進行完善：

一、現行《醫院會計制度》明確規定“適用于中華人民共和國境內的各級各類公立醫療機構。” 隨著經濟的發展，一大批非公有制醫院應運而生，特別是民辦的或慈善機構興辦的醫院。然而非公立醫院的會計核算如何進行，特別是非公立的非營利醫院應該執行什么會計制度，目前尚無明確的規定。國家在《關于城鎮醫藥衛生體制改革的指導意見》中指出，將醫療機構分為非營利性和營利性兩類進行管理。根據醫療機構的性質、社會功能及其承擔的任務制定并實施不同的財稅、價格政策，非營利性醫療機構在醫療服務體系中占主導地位，享受相應的稅收優惠政策，“衛生、財政等部門要加強對非營利性醫療機構的財務監督管理，營利性醫療機構服務價格放開，依法自主經營，照章納稅。”在我國大部分醫院是國有醫院，屬于非營利性醫院，不具有營利性，但并不等于非營利性就不能盈利。隨著社會主義市場經濟體制的建立，醫院要生存和發展，必須實行經濟核算，僅靠少量的財政撥款是不行的，主要是要以自身的醫療服務來獲取收入，因而必須要有盈余，以維持自身的生存和發展。因此，非營利性醫院會計可以借鑒企業會計，運用企業會計的分析方法，對醫院的經濟活動進行核算、監督，營利性醫院則可以完全和企業一樣，經衛生主管部門登記注冊，采用企業會計的核算方法。

二、對資本性支出的會計處理。在正常情況下，醫院發生的收益性支出直接在當期列支。醫院發生的資本性支出，如購置房屋、設備、固定資產改良、大型維修等，按《醫院會計制度》規定，均應從修購基金或事業基金中列支，不對醫院的當期效益發生影響。即購置或接受固定資產時，一方面要借記“專用基金—一般修購基金”科目，貸記“銀行存款”科目；同時借記“固定資產”科目，貸記“固定基金”科目，直到固定資產報廢、毀損或盤虧等原因減少時，才按原值借記“固定基金”，貸記“固定資產”科目。筆者認為，現行《醫院會計制度》對固定資產的這種核算方法，尚存在一定的弊端，需要進一步改進和完善。首先，如部分中、小醫院特別是鄉鎮衛生院發生大量的資本性支出，而這些支出從修購基金和事業基金中不能或不完全能列支時，由于《醫院會計制度》中沒有明確規定列支方法，醫院會計只能從醫療支出或藥品支出中直接列支，即發生資本性支出時，借記固定資產和相應的支出科目，貸記固定基金和銀行存款。從理論上說，購置固定資產，只是醫院的流動資產轉化為非流動性資產，即固定資產增加，銀行存款減少，并不引起凈資產的增加，固定基金的調整是凈資產內部基金的一種變動，而在上述會計分錄中，固定基金并不是由其他的基金轉化而來，是凈資產的一種虛增，從而使凈資產出現不實，既然醫院的新的會計制度是借鑒企業會計制度改革的成功經驗，將資金平衡表改為資產負債表，將凈資產與企業一樣表述為資產減去負債后的差額，凈資產也就應該是實實在在的所有者權益。其次，固定資產的這種核算方法，不利于考核單位及負責人的業績和經濟效益。凈資產的增減變化是經濟效益完成情況的一個重要指標，然而因固定資產核算方法造成的凈資產忽增忽減，會使考核結果出現很大的誤差；再次，這種核算方法也不利于固定資產實有價值的動態反映，容易導致單位家底不清，實力不明；最后，支出的加大，是支出的一種虛增，這樣，醫院當期甚至當年的收支結余會受到很大的影響。有時，一項上百萬元的資本性支出可能導致醫院全年的收支結余全部抵銷。針對這種情況，筆者認為以下做法既不違背權責發生制原則，又不影響醫院的結余。即：資本性支出在凈資產中不能列支時，由原來的借記固定資產和相應的支出，貸記固定基金和銀行存款，變成只借記固定資產，貸記銀行存款，不調整固定基金，也不列相應的支出，以后隨著修購基金的提取或事業基金的增加，再逐步調整固定基金，直至與固定資產相等平衡。這種會計核算方法，對醫院當期效益不發生影響。借記固定資產，貸記銀行存款，反映出資產由流動資產轉化為非流動資產；不調整固定基金，說明在凈資產中沒有自有資金向固定基金轉化，以后隨著凈資產的增加逐步調整固定基金正是反映凈資產內部的轉換關系。固定資產和固定基金調整的不一致性，說明醫院的自有資金由無到有正逐步增加。惟有如此，才能準確的反映凈資產的內部變化，才能使資本性支出不影響醫院的當期效益，不影響醫院收支結余的計算。另外，也可借鑒企業會計制度做這樣的會計處理：取消“固定基金”科目的核算內容，購入固定資產時做會計分錄：借：固定資產貸：銀行存款。不再同時做現行《醫院會計制度》規定的借：專用基金—一般修購基金 貸：固定基金的分錄。將固定基金的期初余額減去評估固定資產凈值后轉入“事業基金”，固定資產原值與凈值之間的差額記入“累計折舊”科目。

三、修購基金的不規范提取。現行《醫院會計制度》對固定資產的標準、分類、計價及核算方法都作出了明確的規定，雖未明確提出“折舊”的概念，但規定按固定資產賬面價值的一定比率提取修購基金記入支出，即對固定資產不提取折舊，按賬面價值的一定比率提取修購基金，并通過“專用基金—一般修購基金”進行核算。這實際上是按固定資產完全折舊的辦法來計算提取修購基金，雖然與舊制度相比，上述規定在完善固定資產管理及核算，準確核算財務成果等方面，有顯著改進，但與現行企業會計制度相比，在具體核算方法上，仍需改進。現行制度其會計處理為：在提取一般修購費時：借：醫療支出（藥品支出、管理費用）—一般修購費貸：專用基金—一般修購基金。 同時《醫院會計制度》也沒有對月中購置或報廢的固定資產明確規定提取修購基金的起止月份。以上處理，明知固定資產在使用過程中已經損耗，出現減值，但會計處理結果并沒有減少凈資產，因而造成虛增凈資產，不能對映反映某項固定資產一般修購費（折舊）的累計提取情況，不利于管理者和有關部門對固定資產一般修購費（折舊）的累計提取數進行監督。而在實際操作中往往存在對某項固定資產的一般修購費（折舊）累計多提和少提，致使其不能正確反映醫院的醫療收支和藥品收支結余的實績問題，因而無法真實地反映固定資產的實際價值及提供固定資產增值、減值的客觀評價依據，也無法為固定資產殘值和轉讓價值提供定價參考，不利于固定資產的管理，不能真實地反映醫院財務狀況；同時，導致醫院另一主要會計報表—基金情況變動表也不能反映醫院實際擁有的凈資產及其變動情況，虛增醫院資產，有悖于會計核算中的穩健原則，影響資產負債率的真實性。故建議設立“累計折舊”一級科目進行核算，以使資產項目反映固定資產凈值，凈資產項目反映醫院實際擁有的凈資產，具體核算辦法參照企業會計制度，只進行總分類核算，不進行明細核算。同時取消一般修購基金提取的會計核算內容，將“專用基金—一般修購基金”的期初余額轉入“事業基金”。區別于企業那樣嚴格配比收入與成本費用的實際，可采用簡單易行的平均年限法計提折舊。在具體方法上，對專用、貴重設備可采用個別計提折舊的方法，除此之外，均采用分類計提折舊法。在計提范圍上，對房屋和建筑物，無論使用與否均計提折舊，對房屋以外的各種設備器具僅限于在用的部分，未使用的不計提折舊。在計提期限上，按規定的使用年限計提，對提前報廢的固定資產不再補提，對超期使用的固定資產不再續提，并在備查簿中登記，作為更新設備和考核的參考依據。在賬務處理上，計提基數以期初應計提折舊的“固定資產”賬面原值為依據，采用規定的年折舊率或月折舊率計算折舊額，當月增加的固定資產，當月不提取折舊，當月減少的固定資產，當月照提折舊，從下月起不計提折舊。計提折舊時，借記有關支出科目，貸記累計折舊，同時登記固定資產明細帳和總賬，并在會計報表中分別列示固定資