2004年11月18日下午，新疆心腦血管病醫院與德國（柏林）心臟中心簽定友好技術合作協議，成立德國（柏林）心臟中心中國西北地區技術合作中心。

德國（柏林）心臟中心目前是全球三大心臟中心之一，屬于非營利性醫療機構，每年進行各類心臟手術近5000例。他們選擇與新疆心腦血管病醫院合作，主要是看重心腦血管病醫院具有國際先進的醫療設備、優秀的醫療人才和完善的管理制度，而新疆又是心血管病高發地區。根據協議，德國心臟中心將定期派專家來新疆講學、會診，新疆心腦血管病醫院也將定期選派優秀人員到德國心臟中心學習。