山東省千佛山醫院把重點學科建設作為醫院發展重點，逐步形成了自己的獨特優勢，吸引了廣大的就醫患者；同時為醫院的整體發展和綜合實力的提高注入強大活力。

該院以突出特色醫療、建設重點學科為醫院發展的根本，在器官移植、腔鏡手術、微創手術、介入治療及心血管內科、中醫科等重點學科的建設上不斷加大投入，取得了可喜的成績，也帶動了醫院整體水平的快速提高。

2002年5月，該院設立了肝臟移植專業科室，成立“東方器官移植研究所山東肝移植中心”，目前已成功完成肝臟移植48例，包括老年肝臟移植，減體積肝臟移植等各種類型的移植，其中4例實現術中術后零輸血，達到國內領先水平。從上世紀90年代初，該院開展腎臟移植工作，現已累計完成腎臟移植手術近400例，醫院還成功完成了心臟移植手術10例，并開創了山東肺移植成功的先例，創造了亞洲接受單肺移植術的年齡最大患者記錄。

該院的微創技術日臻成熟，已逐步成為常規手術，并進一步拓寬了應用范圍。醫院引進腹腔鏡設備，成功實施了腹腔鏡結腸癌手術、三鏡法治療復雜的膽石癥等高難度微創外科手術。醫院利用陰道鏡、宮腔鏡、十二指腸鏡、膽道鏡等開展多項微創手術，也均處于山東省內領先或先進水平。介入治療是醫院另一個技術品牌。醫院對冠狀動脈性疾病進行定性、定量診斷研究，大力開展心血管疾病的介入診斷和治療，總體水平居全國先進行列。

該院的中醫中風病科在中西醫結合治療各種腦病方面獨樹一幟。主要在運用科室經驗方面的基礎上結合中西醫綜合康復療法治療中風病、中風后遺癥、腦動脈硬化、腦萎縮、血管性癡呆、高血壓病、失眠等疾病療效顯著。該院還引進了由海南天光高科研制的高能生物離子多功能治療儀，這是一種符合傳統中醫辨證理論、運用生物電生理及生物組織電導基本均衡原理的新型高能物理離子輸入設備，可深入到達顱腦和多種臟器病變部位，迅速充分改善病變部位的血供和代謝環境，該項技術成果已被納入中國中醫藥科技開發交流中心的科技成果重點推廣項目，對中風后遺癥的康復治療中具有獨特的療效，無疼痛、無損傷、無副作用。