功能性消化不良和IBS目前被認為是兩種獨立的疾病。然而，癥狀的交疊以及共同的病理生理學特點提示這兩種疾病可能是一種病變的兩種不同表現形式。美國學者對這兩種疾病流行病學、病理生理學以及對藥物治療的反應性方面的共性及不同點進行了綜述。

    基于群體的研究以及大樣本調查顯示，三分之一或三分之二的IBS患者具有與功能性消化不良相交疊的癥狀。癥狀分析往往難以提供功能性消化不良和IBS為兩種不同疾病的證據。功能性消化不良和IBS患者均可出現過度的餐后動力反應、延遲的胃排空、小腸和結腸傳輸異常，而且上述癥狀均不是哪種疾病所獨有的。內臟高敏感性是兩種疾病的共同特征，似乎沒有疾病特異性。

    大量證據表明IBS可繼發于感染，這似乎也發生于功能性消化不良。IBS和功能性消化不良心理異常的發生率相似。多種藥物（促動力藥、內臟止痛藥、精神興奮劑）能夠相同程度地緩解功能性消化不良和IBS癥狀。

    上述證據表明，至少部分功能性消化不良和IBS為同一種疾病的不同表現形式。將來的研究應當致力于尋找兩種疾病共同的病理生理學治療靶點。