衛生部表示，截至5月18日下午，國家和地方省市已累計出動1.2萬余人次專業防疫人員在地震災區指導和參與防疫工作。從現場反饋信息看，部分重災區疾病預防控制體系受損嚴重，交通中斷、信息不暢、遺體腐敗加速是困擾災區衛生防疫工作的主要困難。

　　截至5月18日12時，衛生部組派的300余名專業防疫人員已抵達災區，全面展開疾病防控工作。國家衛生防疫隊被迅速分成幾個小組，分赴重災區指導衛生防疫。綿陽工作組于5月16日晚到達北川縣。北川縣災情嚴重，當地醫療衛生系統人員死亡近半。其中，北川縣疾控中心死亡3人，當地疫情監測系統已經癱瘓。德陽工作組于5月16日中午抵達綿竹市，立即開展救災活動，當地供水、供電已基本恢復。綿竹21個鄉鎮衛生院均受到不同程度破壞，其中一個衛生院完全倒塌，并有醫務人員傷亡。基層三級網絡直報系統無法正常運轉。

　　國務院抗震救災總指揮部衛生防疫組要求，對四川受災嚴重區縣防疫工作實施分省包干，每個省包一個縣，與當地防疫人員共同開展衛生防病。截至5月18日16時，四川省外的疾病防控救援隊員已到達10個重災縣區指導和參與衛生防疫。江蘇、河南、重慶衛生防疫隊與國家隊一組共60余人在北川縣，寧夏、江西防疫隊約80人在青川縣，天津、上海和國家防疫隊一組30余人在茂縣，山東防疫隊和國家防疫隊一組約30人在綿竹市，湖南衛生防疫隊10人在彭州市，浙江、廣東兩支衛生防疫隊20余人在平武縣，云南防疫隊10人在理縣，河北防疫隊約30人在汶川縣，遼寧防疫隊10人在什邡市，湖北防疫隊10余人在都江堰市。

　　目前，各級衛生防疫隊與當地防疫人員一起已完成消殺面積超過1700萬平方米，處理遇難者遺體近7000具。

　　根據災區反饋信息，5月17日以來，衛生部及時調整裝備清單，增加采購4人~5人使用的帳篷等物資，啟動了災區傳染病暴發流行風險評估和防控應急預案編寫工作，并組織中國疾控中心設計抗震救災防病宣傳資料供各單位使用。國家發改委緊急組織13個品種、價值300萬元的醫藥用品運往災區，并撥1000噸醫療器械和消殺藥品等送達四川。國家食品藥品監督管理局已緊急向災區調運手術夾板兩萬個，并加大災區藥品和醫療器械監管工作。解放軍總后勤部于5月16日派出22支防疫隊，攜帶價值1000萬元的藥品和器械趕赴災區。武警部隊組建衛生防疫隊，積極籌措防疫物資器材共計258萬余件，價值達600余萬元。