為應對全球不斷蔓延的甲型H1N1流感疫情，解放軍302醫院緊急啟動疫情防控機制。全院處于“臨戰”狀態，應急隊伍24小時待命，一旦發生疫情，確保實現院黨委提出的“三零一早”目標，即:工作人員零感染、來院病人零漏診、確診病人零死亡，疑似病人早診斷。

作為全軍唯一一家三級甲等傳染病醫院，該院先后組織召開一系列相關工作會議，部署相關防控措施。成立了以院長呂吉云、政委張偉平為組長、共30名人員組成的醫院防控甲型H1N1流感領導小組及其辦公室，負責疫情防控工作的領導和總體協調；同時成立了以一級教授陳菊梅為組長的專家指導組，負責疫情防控工作的技術支持和指導。

該院對全院各級各類醫務人員進行了診斷治療、消毒隔離和個人防護等相關知識的規范化培訓；密切跟蹤國外疫情發展情況，每天收集相關信息，全面分析疫情趨勢，形成《傳染病信息快遞》，幫助全院同志了解疫情動態、掌握防控知識、嚴格防護措施。對負壓病房、呼吸機、監護儀等急救設備進行了全面檢修，均處于備用狀態，能夠滿足臨床診療和防護的需要。