在推行“新型農村合作醫療制度”中，中央政府對中西部試點省提供了前所未有的強大制度支持和財政補助。新制度的設計原則以健康人群和患病人群分擔災難性風險這一保險原理為基礎，其設計前提在于假定該制度將會有農村人口最廣泛的參與，其設計目標是對參保人提供機制性的經濟保護，防御由大病風險引起的收入打擊和支出危機。因此，合作醫療保險可以視為最有效的健康風險管理機制。一些地區的實踐表明，建立這樣一種制度并使之可持續，既需要法律的強制和政府的推行，又要以透明、高效的基金管理和規范的醫療保健服務為前提，還需要保險意識在農村廣大居民中的普及。因此，它是一種行為主體多元、決定因素復雜和管理成本較高的制度。

就建立制度和使之可持續而言，后者不僅難度更大而且更加重要。這首先是因為，以往合作醫療制度的失敗動搖了老百姓對制度本身的信心，從而對農戶的參保決策產生消極影響。可以說，在那些缺少制度連續性的地方，如今越發難以使制度可持續。反之，制度越有連續性，就越是可持續。在上海嘉定和江蘇吳縣等地，合作醫療制度從人民公社時期一直延續下來，籌資水平從當年的人均5角錢提高到目前的百元以上。參保村民非但沒有因為籌資額增加而退出，整個制度反倒因為提供更具吸引力的受益包而愈益穩固。其次，當前由中央政府出面推行的新型合作醫療制度實質上投入了國家的信譽，一旦出現可持續性危機，就會損害政府的公信度。因此，我們對基本醫療保險制度的迅速推廣持謹慎態度。

進一步講，新型合作醫療制度的實施規則本質上由中國當前的社會經濟條件所決定。然而，某些現行基本規則不但與已有的社會醫療保險理論和實踐相悖，而且對于在中等發達地區甚至在發達地區實現制度的可持續性，也是莫大的挑戰。第一個關鍵性的挑戰，來自中央政府強調的農戶自愿參保原則。社會醫療保險區別于商業保險的一個根本特征，是借助法律手段強制所有國民承擔參加基本醫療保險的義務，以便盡可能保證在大規模人口中分散風險。這種制度設計，既針對保險供給方的逆向選擇行為（排斥最需要保險的高風險人群），又預防來自保險需求方的道德風險（患病時參保，痊愈后退保）。中國的現實是，政府以往曾對農民采取過多種強制性措施，在二者關系中埋下了一些矛盾的種子。僅就近年來向農民征收的稅費而言，不少收費項目不但超出了大多數農民的承受能力，而且所籌款項的使用也不透明，由此導致矛盾尖銳甚至影響社會穩定。這也許正是高層決策群體明知社會醫療保險需要強制性卻又選擇自愿原則的一個根本原因。可是其結果必然是制度風險加大，參保人群規模縮小。

對制度可持續性的第二個關鍵性挑戰，來自對保險賠付范圍的界定。根據中央政府的指導意見，合作醫療基金對參保人群醫療費用的補償采用大病統籌為主，兼顧小額費用補助的方式。小額醫療支出與發生概率大、就診費用低的小病相聯系，運用基金對其補償不僅增加了農民的報銷手續，而且徒然增大管理費用。在籌資規模不變的條件下，這樣做必然導致大病醫療支出補償比例降低。大病發生概率低但醫療費用高，因此對患者及其家庭的收入和消費流程可能產生災難性的打擊。這正是借助保險方式由大規模參保人群分擔大額醫療費用的意義所在。可是中國大多數農民經濟狀況不寬裕，如果繳納了保費而受益概率較低，他們參保的可能性就會大打折扣。出于同樣的經濟原因，農村中低收入群體往往患小病而不求治，并由此拖成大病。因此，補償小額醫療費用的積極意義，還在于促使農民家庭增添健康預算并提高醫療服務使用率。可見，采用現有的補償模式一方面是由于大多數農民的愿望和行為使然，另一方面也是制度管理群體出于提高參保率的追求不得已而為之。

問題是，既然每個農戶都把繳納的保費多半用在自家的醫療支出上，大病風險則主要靠中央和地方財政的補助金來應對，合作醫療保險實質上豈不是近乎于政府救濟或福利制度嗎？況且，這還是附加了昂貴的管理費用的制度。更值得注意的是，這一制度很可能還不似完全的救濟制度那樣能夠瞄準最貧困的人口。合作醫療制度通行醫療費用共付原則，窮人往往由于難以承擔大額醫療費用的自付部分而減少使用醫療服務，因此得到的補助部分實際上不如非窮人多。那些放棄使用服務的窮人甚至可能得不到補助的好處。當然，在基金主要來自于個人繳納保費的發達地區，這個問題并不嚴重。可是在中等發達和欠發達地區，則還需要進一步的制度創新來解決問題。這也是我們根據制度推廣難度把基本醫療保險置于公共衛生和醫療救濟制度之后的一個原因。