新型農(nóng)村合作醫(yī)療試點兩年多，然而，運作成本一直是個困擾。按國務(wù)院辦公廳轉(zhuǎn)發(fā)的通知規(guī)定，“經(jīng)辦機構(gòu)的人員和工作經(jīng)費列入同級財政預(yù)算，不得從農(nóng)村合作醫(yī)療基金中提取”。事實上，同級政府特別是鄉(xiāng)鎮(zhèn)一級，根本無法解決工作經(jīng)費，以至成了制約試點工作的瓶頸。

據(jù)了解，目前相當(dāng)多的地區(qū)合作醫(yī)療管理機構(gòu)辦公經(jīng)費不到位。不能從基金中支出，地方財政又沒有穩(wěn)定的撥款機制，撥多少只是取決于同級政府的重視程度。為了如期開展工作，縣衛(wèi)生局只有墊支。拉開工作帷幕后的各鄉(xiāng)鎮(zhèn)，都要在“同級財政”中開支農(nóng)村合作醫(yī)療工作經(jīng)費，發(fā)動群眾參加農(nóng)村合作醫(yī)療人數(shù)越多，意味著投入的人力與費用就越大，縣衛(wèi)生局愁眉苦臉，鄉(xiāng)鎮(zhèn)政府怨聲頗多。

農(nóng)村合作醫(yī)療發(fā)動籌資運作的成本主要有：宣傳發(fā)動成本。貫徹農(nóng)民自愿的原則，就要做大量的動員和宣傳工作。如果農(nóng)民對基層政府信任度不高，說服成本就增大。農(nóng)民有很多顧慮，擔(dān)心生病住院不能按章兌現(xiàn)補償，擔(dān)心資金被挪用，擔(dān)心小病不能受益，這都會降低參保率。為了加大宣傳力度，各地都動用了電視媒體、宣傳標(biāo)語、宣傳單，村務(wù)公開等多種形式大張旗鼓地宣傳新型農(nóng)村合作醫(yī)療，為此投入了不少的宣傳費用。如廣東省四會市在試點過程中印刷了宣傳彩色單張10萬份張貼到各村莊發(fā)至各農(nóng)戶，并在電視上做專題大加宣傳，各鄉(xiāng)鎮(zhèn)與村委也支付不少宣傳費，費了很大勁參加率才達到50％左右；公開農(nóng)村合作醫(yī)療制度、方案所用的費用；《農(nóng)村合作醫(yī)療證》的開支。印刷農(nóng)民繳費、補償?shù)暮献麽t(yī)療證，有的縣一次就印刷了10萬本，參加合作醫(yī)療者人手一本，憑證交費與領(lǐng)取住院補償。如果工本費每本一元，就是10萬元，支出很大；收費發(fā)票收據(jù)上的開支。按規(guī)定，鄉(xiāng)鎮(zhèn)經(jīng)辦機構(gòu)收到農(nóng)民的錢要給農(nóng)民開出財政統(tǒng)一的正式發(fā)票。我市8個縣市區(qū)104個鄉(xiāng)鎮(zhèn)都按照規(guī)定購買5元一本的發(fā)票，一本只能開出50戶數(shù)量，一個鄉(xiāng)鎮(zhèn)只要發(fā)動到30％的農(nóng)民參加合作醫(yī)療，在發(fā)票上的開支就相當(dāng)可觀。

除了上述的開支外，還有一些辦公設(shè)備，一年四次上報的統(tǒng)計報表以及經(jīng)辦機構(gòu)人員工資等都是大筆支出。

為減少籌資成本，國務(wù)院的指導(dǎo)意見指出：“要改進農(nóng)民個人繳費收繳方式，可在農(nóng)民自愿參加并簽約承諾的前提下，由鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）農(nóng)稅或財稅部門一次性代收，開具由省級財稅部門統(tǒng)一印制的專用收據(jù)；也可采取其他符合農(nóng)民意愿的繳費方式。”廣東省已實行了稅費改革，減輕了農(nóng)業(yè)稅，并將取消農(nóng)業(yè)稅。稅改后什么稅也不可能定點收取。農(nóng)村合作醫(yī)療面臨運作高成本的難題。

運作成本問題實際是財政資金問題，也是合作醫(yī)療成敗的關(guān)鍵。在目前大多鄉(xiāng)鎮(zhèn)并不富裕，有的山區(qū)鄉(xiāng)鎮(zhèn)連干部工資也很難正常按月發(fā)出的情形下，要求農(nóng)村合作醫(yī)療工作經(jīng)費由同級財政開支很不現(xiàn)實。在“吃飯財政”的現(xiàn)狀下，只有通過立法才能保證國家、省、市、縣四級政府的合作醫(yī)療出資的剛性和出資比例。