市場的開放和跨國企業的技術轉移，促進了我國醫療器械加工貿易的發展和我國醫療器械產品的更新換代，也使我國加工貿易產品有了更為廣闊的市場。目前，我國醫療器械加工貿易幾乎涉及所有的醫療器械產品，主要出口目標市場是美、日、歐等發達國家。

自2005年以來，我國制造業水平不斷提升，以一般貿易方式出口的醫療器械產品在逐步增多，而醫療器械加工貿易的出口占比在逐年降低，2005～2009年五年中，加工貿易方式出口的占比分別為43.2%、42.3%、39.2%、36.9%和35.13%，表明醫療器械出口方式的進一步優化。

我國加工貿易比較發達的地區主要集中在廣東省、江蘇省、上海市、北京市及浙江省。產品出口方式主要以OEM和跨國公司的ODM為主，主要出口市場為美國、日本和德國，這三國的出口占我國醫療器械加工貿易出口額的50%以上。