管理是醫療保障制度正常運作的關鍵，管理得不好將會失去農民的信任，因此也是農村新型合作醫療成功與否的關鍵因素之一。就以往的經驗來看，管理不善，將會嚴重損害合作醫療的發展，甚至會導致合作醫療的垮臺。

　　《意見》中提出：“新型農村合作醫療制度采取以縣（市）為單位進行統籌。”這與政府決定以補償大病為主的原則是一致的，規模越大承擔風險的能力就越高。有學者認為應該在鄉鎮一級統籌，因為鄉鎮一級已經具有足夠的承擔大病風險的能力，而如果要取得群眾的信任，應該離農民越近越好，便于農民參與管理。這里出現了一個矛盾，在相對較小的區域內推行，是有利于合作醫療的建立的，但承擔風險的能力較弱，在大的區域則是承擔風險能力強，而不利于群眾的接受。例如我國傳統的合作醫療能夠被農民接受的一個原因就是村辦村管，居民在一定范圍內能夠形成相互信任，相互之間愿意互相幫助，因此更容易籌資。但由于分擔疾病風險的能力較低，因此在醫療成本高漲的現代社會，村辦村管的方式已經行不通。但這也不表示在鄉鎮一級進行管理就能解決上面所說的矛盾，因為目前的問題是農民對鄉鎮一級的信任程度未必比縣一級的信任程度高，甚至有可能更差。因此不如集中精力將解決農民大病負擔的事情徹底做好，畢竟縣（市）一級的統籌分擔風險的能力要比鄉鎮一級高很多。

　　在建立新型農村合作醫療的過程中，務必要建立獨立的部門管理，尤其是對資金的管理，不要與政府部門混在一起。原因有三點：一是政府管理容易出現截留、挪用合作醫療資金，對農民的補償承諾不兌現的情況；二是政府部門不懂衛生服務監督，對衛生服務提供方的質量和價格監督、制約不夠；三是容易受到政府部門人員更迭的影響。因此要有規范的制度來保證新型農村合作醫療制度的實施，并用法律保護，不能依靠某個領導的個人表現，不受地方政府是否重視的影響，不受地方政府領導更迭的影響。建議將新型合作醫療的建設作為政績考核目標之一，但考核的標準不是覆蓋率，而是民眾的滿意度，避免強迫收費。

　　最后，資金管理透明化、增加民眾參與的管理是非常必要的，只有這樣才能取信于民，新型農村合作醫療制度才能長久保持下去，希望這不僅僅是一個口號，而是要真正落到實處，建立完善的民眾參與管理和監督的制度。/**/