新型農村合作醫療試點兩年多，然而，運作成本一直是個困擾。按國務院辦公廳轉發的通知規定，“經辦機構的人員和工作經費列入同級財政預算，不得從農村合作醫療基金中提取”。事實上，同級政府特別是鄉鎮一級，根本無法解決工作經費，以至成了制約試點工作的瓶頸。

據了解，目前相當多的地區合作醫療管理機構辦公經費不到位。不能從基金中支出，地方財政又沒有穩定的撥款機制，撥多少只是取決于同級政府的重視程度。為了如期開展工作，縣衛生局只有墊支。拉開工作帷幕后的各鄉鎮，都要在“同級財政”中開支農村合作醫療工作經費，發動群眾參加農村合作醫療人數越多，意味著投入的人力與費用就越大，縣衛生局愁眉苦臉，鄉鎮政府怨聲頗多。

農村合作醫療發動籌資運作的成本主要有：宣傳發動成本。貫徹農民自愿的原則，就要做大量的動員和宣傳工作。如果農民對基層政府信任度不高，說服成本就增大。農民有很多顧慮，擔心生病住院不能按章兌現補償，擔心資金被挪用，擔心小病不能受益，這都會降低參保率。為了加大宣傳力度，各地都動用了電視媒體、宣傳標語、宣傳單，村務公開等多種形式大張旗鼓地宣傳新型農村合作醫療，為此投入了不少的宣傳費用。如廣東省四會市在試點過程中印刷了宣傳彩色單張10萬份張貼到各村莊發至各農戶，并在電視上做專題大加宣傳，各鄉鎮與村委也支付不少宣傳費，費了很大勁參加率才達到50％左右；公開農村合作醫療制度、方案所用的費用；《農村合作醫療證》的開支。印刷農民繳費、補償的合作醫療證，有的縣一次就印刷了10萬本，參加合作醫療者人手一本，憑證交費與領取住院補償。如果工本費每本一元，就是10萬元，支出很大；收費發票收據上的開支。按規定，鄉鎮經辦機構收到農民的錢要給農民開出財政統一的正式發票。我市8個縣市區104個鄉鎮都按照規定購買5元一本的發票，一本只能開出50戶數量，一個鄉鎮只要發動到30％的農民參加合作醫療，在發票上的開支就相當可觀。

除了上述的開支外，還有一些辦公設備，一年四次上報的統計報表以及經辦機構人員工資等都是大筆支出。

為減少籌資成本，國務院的指導意見指出：“要改進農民個人繳費收繳方式，可在農民自愿參加并簽約承諾的前提下，由鄉（鎮）農稅或財稅部門一次性代收，開具由省級財稅部門統一印制的專用收據；也可采取其他符合農民意愿的繳費方式。”廣東省已實行了稅費改革，減輕了農業稅，并將取消農業稅。稅改后什么稅也不可能定點收取。農村合作醫療面臨運作高成本的難題。

運作成本問題實際是財政資金問題，也是合作醫療成敗的關鍵。在目前大多鄉鎮并不富裕，有的山區鄉鎮連干部工資也很難正常按月發出的情形下，要求農村合作醫療工作經費由同級財政開支很不現實。在“吃飯財政”的現狀下，只有通過立法才能保證國家、省、市、縣四級政府的合作醫療出資的剛性和出資比例。