腸道微生物對Crohn病（CD）發病初期和慢性Crohn病的影響長期受到質疑。然而對如此復雜的生態系統的研究是很困難的。科學家們首次采用了宏基因組學的方法全面研究腸道微生物的多樣性。他們從六個正常人和六個CD或者的糞便樣本中抽提基因組DNA，使用fosmid載體構建了兩個基因組庫，這兩個庫分別由25000個克隆組成。細菌多樣性通過DNA雜交篩選兩個庫中的16s rRNA。在選中的1190個克隆中，一共鑒別到了125個非冗余核糖分型，主要代表了擬桿菌門和硬壁菌門。在屬于硬壁菌門的這些核糖分型中，43種存在于健康人的糞便中小生物群中，而僅有13個存在于CD患者(p<0.025)。直接用熒光原位雜交的方法分別雜交糞便樣本中的16S rRAN（n=12）能夠進一步證實在CD患者的小生物群中這些細菌比例的降低(p<0.02)。運用宏基因組方法，科學家們發現CD病人糞便樣本中硬壁菌門細菌復雜性的降低是CD病的一個特征。同時，這種方法也提示還有新的細菌種類的存在。 /**/