據江西省衛生廳2004年進行的一次全省農村衛生工作調查顯示，當時全省擁有鄉鎮衛生院1700余所，危房面積48萬平方米，按每平方米造價400元計，資金缺口達2億元；擁有員工4.6萬余名，醫務人員中具有本科學歷的不到0.5％，而無學歷的高達10％以上，能夠開展胃切除一類手術的醫院僅為8.8％，每個衛技人員日診療人次僅為1.5，全省鄉鎮醫院年虧損額達1.36億元，鄉鎮財政累計拖欠的公費醫療、計劃生育等費用近7億元。這一狀況代表了我國大部分農村基層醫療機構的現狀。

農村醫療衛生機構是基層衛生服務體系中的重要基石，處于處理各類突發性公共衛生事件的前沿，同時也處在農村和城市突發性公共衛生事件應急網絡的網底。但是，不可否認農村醫療衛生系統也是我國公共衛生體系的最薄弱的環節，因此農村醫療保障制度一直是農村衛生問題研究和關注的焦點。

改革開放以前我國曾經為農民建立起了醫療保障制度——合作醫療制度，并取得了輝煌的成績，初步形成了以集體經濟為依托的農村初級醫療衛生保健網，我國農村醫療衛生事業的各項指標全面提高，有效地提高了農民的健康水平，一度成為發展中國家的典范。但在改革開放之后，隨著集體經濟的解體，合作醫療制度很快走向了低谷。90年代之后，在政府和一些國外基金組織的支持和援助下，我國開展了大量的合作醫療研究和試點工作，經過了十多年的探索，政府終于下定決心，決定在農村地區建立醫療保障制度，即“新型農村合作醫療制度”。 2002年10月，中國開始推行新型合作醫療試點，新型合作醫療制度是由政府組織、引導、支持，農民自愿參加，個人、集體和政府多方籌資，以大病統籌為主的農民醫療互助共濟制度。與以往的農村合作醫療制度相比，新型合作醫療的性質沒有改變，它依然是由政府組織引導，農民自愿參加，個人、集體、政府多方籌資，以大病統籌為主的農民醫療互助共濟制度；但是它又注入了新的內涵，在政策支持、籌資渠道、統籌面與覆蓋面、管理體制與監督機制等方面都具有創新之處。目前全國2000多個縣中有300多個縣開展了試點，約8000萬農民參加了新型合作醫療。

新型農村合作醫療這種“借千家之力，解一家之難”的好辦法，使我國廣大農民無錢看病和因病返貧的問題得到了逐步的緩解，但是農民看病的煩惱并未消散。因為他們認為僅有錢看病是不行的，還得有大量合格的農村醫生和起碼的醫療設施，否則農民的身心健康還是得不到應有的保障。

目前，基層醫療衛生機構的狀況不容樂觀，基礎設施差，醫療設備陳舊落后，人才流失現象嚴重，一些簡單的檢驗、急救和手術都不能開展，不能滿足農民日益增長的醫療服務需求。據江西省大余縣衛生局統計，各鄉鎮衛生院危房面積平均在50％以上；開放病床平均不到10張，且多為東倒西歪的舊木架床；9家醫院均無ＣＴ儀，其中5個鄉鎮的衛生院連Ｘ光機和Ｂ超儀都沒有，至于“三大常規化驗”、人工呼吸機、吸痰器等急救設施更是無從談起，醫生看病憑的仍是聽診器、溫度計及血壓計這“老三件”。這種農村基層衛生機構的現狀是我國大部分農村醫療衛生工作的一個縮影，農村醫院陷入如此窘境，廣大農民的身體健康豈能得到保證。

全國政協委員馮幸耘：“由于對基層醫療機構的投入不足，大部分農村和社區服務站等基層醫療機構一直處于循環不良狀態，醫務人員的積極性也受到一定挫傷。特別是遇到重大公共衛生事件發生，就更難以滿足人民群眾的健康需要和社會性防疫工作的整體要求?！彼ㄗh整合現有的醫療資源，適度向基層醫療機構予以傾斜，特別是農村醫療衛生站；提高對基層醫療衛生站的投入，改善基層醫療場所的條件，增設衛生醫療設備；提高基層醫療機構發現疫情的敏銳性和早期觀察的主動性。通過專業培訓，提高醫護人員自我防護意識和對病情的敏銳察覺意識，及時做好對各種信息數據的收集、整理、匯總及初級分析等項工作。

因此，在穩步推進新型農村合作醫療的實施，使農牧民群眾普遍享受到基本醫療保障帶來實惠的同時，要加大對基層醫療衛生機構基礎設施和醫療設備的投入，增強醫療服務能力，提高農村衛生從業人員的業務素質，擴大服務范圍，從而在醫療合作的基礎上為農牧民群眾提供優質、價廉的基本醫療服務。