政府為了鼓勵民營醫院發展，出臺了相關稅收優惠政策，試圖運用稅收優惠政策，減輕民營醫院(營利性醫院)稅收負擔。文件規定“民營醫院自取得執業登記證之日起，3年內給予下列優惠：對取得的醫療服務免征營業稅；對自產自用的制劑免征增值稅；對營利性醫療機構自用的房產、土地、車船免征房產稅、城鎮土地使用稅和車船使用稅。3年免稅期滿后恢復征稅?！倍愂諆灮菡邔嶋H上是政府與納稅人的一項交易。為何是“交易”？國家出臺每一項稅收優惠政策，都體現了一種導向：醫療服務是一項特殊的社會服務，在一定程度上具有福利和公益的特征，與人民群眾的健康幸福密切相關。醫療服務征稅體系建設，為了既要體現支持醫療衛生事業發展的要求，又要能夠促進城鎮醫藥衛生體制改革步伐。促進公立醫療機構改善服務態度，提高醫療質量；有利于人民大眾獲得便捷、高效、優質的醫療服務。發展民營醫療機構在我國尤其重要。因為我國是一個人口多、底子薄、生產力低下、醫療資源匱乏、長期實行以經濟建設為中心的發展中國家，政府不可能把醫療服務事業完全包下來。那么政府就要發展民營醫療機構來緩解對此的壓力。但，“條件”就是給這些民營醫院一些減免稅的優惠政策。因此，稅收優惠政策其實就是政府與納稅人之間的一項有條件的交易，為此體現了政策導向、傾斜及扶持。
             
那么，在這樣的稅收政策下民營醫院至今發展的怎么樣呢？據了解，“事與愿違”。與政府制定稅收優惠政策的初衷不一致，目前國內的民營醫院的發展并不盡如人意。民營醫院的淘汰率很高，在三年稅收優惠結束后，被淘汰醫院中以有一定規模的民營醫院占絕大部分。其主要原因是：
             
一、國家雖然表示要鼓勵民營醫院的發展，但事實上并沒有相關的配套措施，稅收問題則是最為主要的問題所在。如按照國家相關的規定，國家允許民營醫院自取得執業登記證之日起，3年內給予一定的稅收優惠。但事實上，許多民營醫院在取得執業登記后，并不會馬上進行經營，往往會要花上兩年的時間才能進行運作。所以就三年的稅收優惠政策，民營醫院得到的實惠并不是很多。而且由于現行政策對營利性醫療機構取得的收入只給予3年內免征營業稅的優惠。部分營利性醫療機構在3年免稅期滿后，反映稅收負擔明顯加重，難以形成積累以進一步發展。
             
二、公立醫院(非營利性醫院)國家財政還給予一定的補貼。公立醫院的政府財政補貼大概要占到總收入的8%～10%，且沒有稅負。而民營醫院一般除沒有財政補貼外，還要承擔8%左右的稅收。為此，民營醫院的成本至少要比公立醫院高出16%，這是一個比較大的負擔。
             
因此，民營醫院的醫療成本必定高于公立醫院。從而，導致了民營醫院經營總體較為艱難，現在盈利的并不是很多。在享受公費醫療方面民營醫院同樣也有一道難以逾越的“鴻溝”。按照規定，公費醫療可報銷的發票必須為財政系統所出具的，而民營醫院的發票屬于稅務系統?；踞t療保險和公費醫療的高門檻把很大一部分客源擋在了門外。對此，對民營醫療機構存在“稅收歧視”之嫌。
             
三、民營醫院的投資比較少而且經營成本高，(如，醫院高額房租、水電費、購置醫療設備、人員工資購進藥品、各項稅費以及一些雜七雜八的費用等等)好多民營醫院出現入不符出的現象。且不說營利性醫療機構具有的公益性，就按資本投資的角度來看，這顯然是賠本的買賣。民營醫院存在收入少稅負重，難以發展。
             
四、民營醫院的投資者需要得到回報。而根據實際調查，民營醫院要收回投資，一般需要5年～8年的時間。這對一些民營醫院的投資者來說，收回投資顯得比較長，又遭遇不公平競爭，為此，為了在短時間內得到好的回報和減少稅收帶來的負擔，在這種情況下，一些民營醫院缺少自律意識，自身也存在的問題，侵害了患者利益，又加上國家對民營醫院的管理并不完善。這樣就也損壞了民營醫院的形象。給醫療改革帶來了負面影響,幾方面的因素導致目前民營醫院的發展前景不暢。  

從當前的狀況來看幾年來民營醫療機構雖有所發展，但還相當滯后，從整體上看，還沒有形成與公立醫療機構共同有序發展的新格局。 
 
目前各界關注的醫療衛生體制改革會帶來新風。為了配合醫療衛生體制改革的順利進行，稅務部門應當相應的出臺專門的醫療服務稅收政策，增設相應稅目稅率。不應“厚掌鄙背”因為手掌手背都是肉！要公平稅負，應該擺脫對民營醫院"稅收歧視"之嫌，完善現有醫療服務征稅制度。只有在同一起跑線上公平競爭才能有利的促進醫療改革的健康發展。國家稅務總局的某官員也對醫療改革中對營利性的民營醫療機構不合理稅負提出了建議：“隨著政策的調整，在營業稅征收范圍內，應增設醫療衛生稅目。相對于現有政策對醫療服務的界定，該稅目范圍還應增加護理等項目。具體內容包括：醫療服務機構對患者進行檢查、診斷、治療、護理、康復和提供預防保健、接生、計劃生育方面的服務，以及與這些服務有關的提供藥品、醫用材料器具、救護車、病房住宿和伙食的業務。
             
調整醫療服務的營業稅稅率。一方面，醫療服務不同于市場提供的普通服務和產品，密切關系到人民群眾基本生活保障要求，屬于應由政府給予支持的社會事業，不能夠完全實行市場化經營；另一方面，我國醫療衛生事業發展還很不充分，城鄉醫療服務水平差異較大。因此，在進一步加強醫療衛生監管基礎上，建議對醫療服務收入實施相對較低的稅率，以降低行業整體稅負。并且應實行更有效的稅收優惠政策。”醫改不是衛生部一家的工作，也不是稅務部門一家的工作，今后，中國的衛生事業，是要靠國家各有關部門的大力支持以及大醫院的均衡布局發展，同時希望衛生部和國家有關部門的思路和想法，更加理解醫務人員的苦衷和想法，調動民營醫院和醫務人員的積極性，才能更進一步地解決看病難、看病貴的民生問題。在此基礎上政府各有關部門應加強管理。
             
衛生部門應著實加強行業的管理及時的完善和健全醫療衛生體制，對醫療機構性質轉換嚴格把關，加強對非營利性醫療機構中合資合作部門管理，明確醫療衛生機構性質。保證稅收政策及征收管理的依據和基礎穩定性。并加強行業自律教育使其有一個好的行風形象。
             
稅務部門應完善稅收政策，對醫療服務行業增設稅目稅率。對符合條件的營利性醫療機構給予一定的稅收優惠政策，平衡醫療機構的整體稅負，打好穩定的稅收基礎，并應加強醫療機構使用票據管理。統一行業票據的使用，避免因票據使用不統一或不規范，引起對適用政策產生分歧。進一步完善和加強醫療服務行業稅收征收管理。
             
政府有關部門行政管理職能也應落實到位，要有科學合理的改革措施和符合行業規律改革路徑，使得城鎮醫藥衛生體制改革總體成功。從而，達到城鎮醫藥衛生體制改革最終目的。