政府為了鼓勵民營醫(yī)院發(fā)展，出臺了相關(guān)稅收優(yōu)惠政策，試圖運用稅收優(yōu)惠政策，減輕民營醫(yī)院(營利性醫(yī)院)稅收負擔。文件規(guī)定“民營醫(yī)院自取得執(zhí)業(yè)登記證之日起，3年內(nèi)給予下列優(yōu)惠：對取得的醫(yī)療服務(wù)免征營業(yè)稅；對自產(chǎn)自用的制劑免征增值稅；對營利性醫(yī)療機構(gòu)自用的房產(chǎn)、土地、車船免征房產(chǎn)稅、城鎮(zhèn)土地使用稅和車船使用稅。3年免稅期滿后恢復征稅。”稅收優(yōu)惠政策實際上是政府與納稅人的一項交易。為何是“交易”？國家出臺每一項稅收優(yōu)惠政策，都體現(xiàn)了一種導向：醫(yī)療服務(wù)是一項特殊的社會服務(wù)，在一定程度上具有福利和公益的特征，與人民群眾的健康幸福密切相關(guān)。醫(yī)療服務(wù)征稅體系建設(shè)，為了既要體現(xiàn)支持醫(yī)療衛(wèi)生事業(yè)發(fā)展的要求，又要能夠促進城鎮(zhèn)醫(yī)藥衛(wèi)生體制改革步伐。促進公立醫(yī)療機構(gòu)改善服務(wù)態(tài)度，提高醫(yī)療質(zhì)量；有利于人民大眾獲得便捷、高效、優(yōu)質(zhì)的醫(yī)療服務(wù)。發(fā)展民營醫(yī)療機構(gòu)在我國尤其重要。因為我國是一個人口多、底子薄、生產(chǎn)力低下、醫(yī)療資源匱乏、長期實行以經(jīng)濟建設(shè)為中心的發(fā)展中國家，政府不可能把醫(yī)療服務(wù)事業(yè)完全包下來。那么政府就要發(fā)展民營醫(yī)療機構(gòu)來緩解對此的壓力。但，“條件”就是給這些民營醫(yī)院一些減免稅的優(yōu)惠政策。因此，稅收優(yōu)惠政策其實就是政府與納稅人之間的一項有條件的交易，為此體現(xiàn)了政策導向、傾斜及扶持。
             
那么，在這樣的稅收政策下民營醫(yī)院至今發(fā)展的怎么樣呢？據(jù)了解，“事與愿違”。與政府制定稅收優(yōu)惠政策的初衷不一致，目前國內(nèi)的民營醫(yī)院的發(fā)展并不盡如人意。民營醫(yī)院的淘汰率很高，在三年稅收優(yōu)惠結(jié)束后，被淘汰醫(yī)院中以有一定規(guī)模的民營醫(yī)院占絕大部分。其主要原因是：
             
一、國家雖然表示要鼓勵民營醫(yī)院的發(fā)展，但事實上并沒有相關(guān)的配套措施，稅收問題則是最為主要的問題所在。如按照國家相關(guān)的規(guī)定，國家允許民營醫(yī)院自取得執(zhí)業(yè)登記證之日起，3年內(nèi)給予一定的稅收優(yōu)惠。但事實上，許多民營醫(yī)院在取得執(zhí)業(yè)登記后，并不會馬上進行經(jīng)營，往往會要花上兩年的時間才能進行運作。所以就三年的稅收優(yōu)惠政策，民營醫(yī)院得到的實惠并不是很多。而且由于現(xiàn)行政策對營利性醫(yī)療機構(gòu)取得的收入只給予3年內(nèi)免征營業(yè)稅的優(yōu)惠。部分營利性醫(yī)療機構(gòu)在3年免稅期滿后，反映稅收負擔明顯加重，難以形成積累以進一步發(fā)展。
             
二、公立醫(yī)院(非營利性醫(yī)院)國家財政還給予一定的補貼。公立醫(yī)院的政府財政補貼大概要占到總收入的8%～10%，且沒有稅負。而民營醫(yī)院一般除沒有財政補貼外，還要承擔8%左右的稅收。為此，民營醫(yī)院的成本至少要比公立醫(yī)院高出16%，這是一個比較大的負擔。
             
因此，民營醫(yī)院的醫(yī)療成本必定高于公立醫(yī)院。從而，導致了民營醫(yī)院經(jīng)營總體較為艱難，現(xiàn)在盈利的并不是很多。在享受公費醫(yī)療方面民營醫(yī)院同樣也有一道難以逾越的“鴻溝”。按照規(guī)定，公費醫(yī)療可報銷的發(fā)票必須為財政系統(tǒng)所出具的，而民營醫(yī)院的發(fā)票屬于稅務(wù)系統(tǒng)。基本醫(yī)療保險和公費醫(yī)療的高門檻把很大一部分客源擋在了門外。對此，對民營醫(yī)療機構(gòu)存在“稅收歧視”之嫌。
             
三、民營醫(yī)院的投資比較少而且經(jīng)營成本高，(如，醫(yī)院高額房租、水電費、購置醫(yī)療設(shè)備、人員工資購進藥品、各項稅費以及一些雜七雜八的費用等等)好多民營醫(yī)院出現(xiàn)入不符出的現(xiàn)象。且不說營利性醫(yī)療機構(gòu)具有的公益性，就按資本投資的角度來看，這顯然是賠本的買賣。民營醫(yī)院存在收入少稅負重，難以發(fā)展。
             
四、民營醫(yī)院的投資者需要得到回報。而根據(jù)實際調(diào)查，民營醫(yī)院要收回投資，一般需要5年～8年的時間。這對一些民營醫(yī)院的投資者來說，收回投資顯得比較長，又遭遇不公平競爭，為此，為了在短時間內(nèi)得到好的回報和減少稅收帶來的負擔，在這種情況下，一些民營醫(yī)院缺少自律意識，自身也存在的問題，侵害了患者利益，又加上國家對民營醫(yī)院的管理并不完善。這樣就也損壞了民營醫(yī)院的形象。給醫(yī)療改革帶來了負面影響,幾方面的因素導致目前民營醫(yī)院的發(fā)展前景不暢。  

從當前的狀況來看幾年來民營醫(yī)療機構(gòu)雖有所發(fā)展，但還相當滯后，從整體上看，還沒有形成與公立醫(yī)療機構(gòu)共同有序發(fā)展的新格局。 
 
目前各界關(guān)注的醫(yī)療衛(wèi)生體制改革會帶來新風。為了配合醫(yī)療衛(wèi)生體制改革的順利進行，稅務(wù)部門應當相應的出臺專門的醫(yī)療服務(wù)稅收政策，增設(shè)相應稅目稅率。不應“厚掌鄙背”因為手掌手背都是肉！要公平稅負，應該擺脫對民營醫(yī)院"稅收歧視"之嫌，完善現(xiàn)有醫(yī)療服務(wù)征稅制度。只有在同一起跑線上公平競爭才能有利的促進醫(yī)療改革的健康發(fā)展。國家稅務(wù)總局的某官員也對醫(yī)療改革中對營利性的民營醫(yī)療機構(gòu)不合理稅負提出了建議：“隨著政策的調(diào)整，在營業(yè)稅征收范圍內(nèi)，應增設(shè)醫(yī)療衛(wèi)生稅目。相對于現(xiàn)有政策對醫(yī)療服務(wù)的界定，該稅目范圍還應增加護理等項目。具體內(nèi)容包括：醫(yī)療服務(wù)機構(gòu)對患者進行檢查、診斷、治療、護理、康復和提供預防保健、接生、計劃生育方面的服務(wù)，以及與這些服務(wù)有關(guān)的提供藥品、醫(yī)用材料器具、救護車、病房住宿和伙食的業(yè)務(wù)。
             
調(diào)整醫(yī)療服務(wù)的營業(yè)稅稅率。一方面，醫(yī)療服務(wù)不同于市場提供的普通服務(wù)和產(chǎn)品，密切關(guān)系到人民群眾基本生活保障要求，屬于應由政府給予支持的社會事業(yè)，不能夠完全實行市場化經(jīng)營；另一方面，我國醫(yī)療衛(wèi)生事業(yè)發(fā)展還很不充分，城鄉(xiāng)醫(yī)療服務(wù)水平差異較大。因此，在進一步加強醫(yī)療衛(wèi)生監(jiān)管基礎(chǔ)上，建議對醫(yī)療服務(wù)收入實施相對較低的稅率，以降低行業(yè)整體稅負。并且應實行更有效的稅收優(yōu)惠政策。”醫(yī)改不是衛(wèi)生部一家的工作，也不是稅務(wù)部門一家的工作，今后，中國的衛(wèi)生事業(yè)，是要靠國家各有關(guān)部門的大力支持以及大醫(yī)院的均衡布局發(fā)展，同時希望衛(wèi)生部和國家有關(guān)部門的思路和想法，更加理解醫(yī)務(wù)人員的苦衷和想法，調(diào)動民營醫(yī)院和醫(yī)務(wù)人員的積極性，才能更進一步地解決看病難、看病貴的民生問題。在此基礎(chǔ)上政府各有關(guān)部門應加強管理。
             
衛(wèi)生部門應著實加強行業(yè)的管理及時的完善和健全醫(yī)療衛(wèi)生體制，對醫(yī)療機構(gòu)性質(zhì)轉(zhuǎn)換嚴格把關(guān)，加強對非營利性醫(yī)療機構(gòu)中合資合作部門管理，明確醫(yī)療衛(wèi)生機構(gòu)性質(zhì)。保證稅收政策及征收管理的依據(jù)和基礎(chǔ)穩(wěn)定性。并加強行業(yè)自律教育使其有一個好的行風形象。
             
稅務(wù)部門應完善稅收政策，對醫(yī)療服務(wù)行業(yè)增設(shè)稅目稅率。對符合條件的營利性醫(yī)療機構(gòu)給予一定的稅收優(yōu)惠政策，平衡醫(yī)療機構(gòu)的整體稅負，打好穩(wěn)定的稅收基礎(chǔ)，并應加強醫(yī)療機構(gòu)使用票據(jù)管理。統(tǒng)一行業(yè)票據(jù)的使用，避免因票據(jù)使用不統(tǒng)一或不規(guī)范，引起對適用政策產(chǎn)生分歧。進一步完善和加強醫(yī)療服務(wù)行業(yè)稅收征收管理。
             
政府有關(guān)部門行政管理職能也應落實到位，要有科學合理的改革措施和符合行業(yè)規(guī)律改革路徑，使得城鎮(zhèn)醫(yī)藥衛(wèi)生體制改革總體成功。從而，達到城鎮(zhèn)醫(yī)藥衛(wèi)生體制改革最終目的。